要看囊总大小来定，如果囊肿小于4cm，痛经较轻，也没有不孕的病史，可以先不手术，直接试管婴儿，若是囊肿直径大于4cm，建议先手术治疗后再进行试管婴儿手术，因为这种囊肿不会随着时间而自行好转，目前也没有很好的药物可以根治，如果不手术，卵巢功能的破坏和盆腔粘连越来越严重，会影响试管婴儿的成功率。不过，建议您一定要找到正规专业的试管医院，进行详细检查，根据检查结果及医生的建议，再作出合适的治疗方案。

如何预防巧克力囊肿

1、避免经期剧烈运动：月经期间禁止激烈的体育运动及重体力劳动，如果在经期从事舞蹈、体操、游泳、长跑或是跳水等体育活动，有可能会使经血倒流，引起子宫内膜异位症。

2、保持经期良好的心态：月经期要注意做好自身的保健，保持乐观开朗的心态，不要生闷气，否者会导致女性内分泌的改变。

3、口服避孕药：具有高危因素、高发家族史、容易带环妊娠者可以口服短效避孕药抑制排卵、促使子宫内膜萎缩，减少经血与内膜碎片逆流到腹腔的机会，从而可以避免子宫内膜异位症的发生。

4、尽量避免人工流产：人工流产手术可能会促使子宫内膜经输卵管进入盆腔，而引起子宫内膜异位症。近年来，随着人工流产手术的逐渐普遍，子宫内膜异位症的发病率也在呈现不断上升的趋势。所以，育龄妇女必须要做好计划生育，尽量避免人工流产。

巧克力囊肿主要是因为子宫内膜的异位，然后在子宫内逐渐形成了囊肿，囊肿里会有巧克力液状的粘稠液体，巧克力囊肿不但影响输卵管的蠕动，而且还可能破坏卵巢类的组织，影响正常排卵功能，是可能会引引起不孕的，但还是极有希望做试管婴儿的。